Strukturu NKEU bazira se na 21 radnoj grupi (RG) koje pokrivaju 35 pregovaračkih poglavlja i na Programskom savetu (PS) koji okuplja koordinatore svih radnih grupa i uži stručni tim (UST) posvećen analizi horizontalnih pitanja. Rezultati svake sesije radnih grupa na kojoj se vodi dijalog sa Vladom i Parlamentom su preporuke.
Nacionalni konvent o EU je institucionalizovani konsultativni mehanizam koji je je deo obavezne procedure usvajanja pregovaračkih pozicija u Odboru za EU integraciju parlamenta od 2014. Vlada je NKEU prepoznala kao kanal za informisanje javnosti o pregovaračkom procesu u avgustu 2015. godine i trebalo bi da ga konsultuje u izradi pregovaračkih pozicija u pregovaračkom timu. Konačno, Smernice pregovaračkog tima za saradnju sa Programskim savetom definišu postupak uključivanja i učešća NKEU u svim fazama i sve relevantne dokumente i politike u pregovaračkom procesu sa EU.
Nacionalni konvent o EU u Srbiji je doprinos jačanju participativne demokratije i uloge civilnog društva u procesu integracije u EU.
Specifični ciljevi su:
- Jačanjei mehanizama konsultacija između OCD/NKEU i države, Vlade i Parlamenta tokom procesa pristupanja EU;
- Omogućavanje visokokvalitetnih i blagovremenih predloga OCD i reformskih inicijativa u pregovaračkom procesu kroz jačanje kapaciteta OCD-a (NVO, poslovna zajednica, sindikati, profesionalne organizacije, omladinske nevladine organizacije, mediji, lokalna samouprava, profesionalna udruženja) za analizu, praćenje i zagovaranje;
- Praćenje napretka pristupanja Srbije EU, posebno u 13 odabranih pregovaračkih poglavlja;
- Podizanje nivoa znanja javnosti u Srbiji o suštini pregovora o pristupanju, koristima od reformi, i generisanje podrške procesu pristupanja EU i budućem članstvu.